Stefan on kärsinyt urallaan paljon loukkaantumisista ja tämä kausi ei ole ollut poikkeus. Ensin nuori sentteri joutui Bill Guerinin mailan ruhjomaksi, seurauksena murtunut leuka ja muutaman viikon huili. Pari peliä paluunsa jälkeen Stefan loukkasi olkapäänsä. Farmikomennus on Stefanille ensimmäinen, ja suurimpana syynä on varmasti Stefanin kuntoutus.
Patrik Stefan on Thrashersin ensimmäisen kierroksen varaus kesän 1999 varaustilaisuudessa. Stefan pelasi junioriuransa Tsekeissä, mutta siirtyi Pohjois-Amerikkaan jo 17 vuoden ikäisenä. Joukkueeksi tuli tuolloin IHL-sarjan Long Beach IceDogs.