Mälkiä valmensi SaiPaan ensimmäisen kerran kausilla 1995-1999 nostaen SaiPan aina pronssiotteluun asti. SaiPasta Mälkiä lähti Tampereelle Ilveksen peräsimeen kahdeksi kaudeksi. Tampereelta matka jatkui Helsingin IFK:n pelaajapenkin taakse, mutta tuo urakka jäi kesken kun HIFK irtisanoi Mälkiän sopimuksen.
Kausi Tanskassa palautti Mälkiälle halun palata kotiin, ja Mälkiä palasikin joulukuussa 2003 tuttuun ympäristöön kun Petri Skriko irtisanottiin SaiPan päävalmentajan paikalta.
