Andrei Kovalenkoon kohdistuvia syytöksiä pelaajayhdistyksen rahojen käyttämisestä ovat lausuneet muun muassa moninkertaiset maailmanmestarit Aleksei Tereshtshenko ja Danis Zaripov. Pelaajien mukaan yhdistyksen tehtävät esimerkiksi pelaajien eläkkeiden maksamisessa eivät ole täyttyneet.
Tämän vuoksi valtakunnansyyttäjä Igor Krasnovia on pyydetty tutkimaan KHL:n pelaajayhdistyksen toimintaa.
Rahaa väitetään käytetyn yli miljoonan euron edestä. Kovalenko kertoo, että rahoja on käyetty muun muassa kuolleiden pelaajien perheiden tukemikseksi Jaroslavlin lento-onnettomuuden yhteydessä.
− Tästä on tehty ymmärtääkseni jo kaksi tutkintaa, eikä näyttöä väärinkäytöksistä ole. Parhaillaan on käynnissä kolmas tutkinta. Olen varma, ettei sekään osoita mitään, Kovalenko sanoi Yle Urheilulle.
− Jos minua kritisoidaan, se tarkoittaa, että teen työni. Jos en tekisi mitään, minusta ei varmaan puhuttaisi. Mitä vahvemmaksi pelaajayhdistys on tullut, sitä enemmän se on kerännyt vastustajia. Mitä enemmän yhdistyksellä on rahaa, sitä useampi haluaa syrjäyttää minut ja päästä yhdistyksen johtoon.
Epäselvyyksien yhteydessä useat pelaajat ovat eronneet pelaajayhdistyksestä.
– Erosin pelaajayhdistyksestä, kun ymmärsin, että Kovalenko teki kaikkensa, jottei Venäjällä olisi kunnollista pelaajien ammattiliittoa, Avangard Omskia edustava Tereshtshenko totesi keväällä venäläislehti Sport Ekspressille.
Kovalenko pelasi peliurallaan 620 NHL-ottelua. Arvokisatasolla hän pelasi neljät MM-kisat, kahdet olympialaiset sekä yhden World Cupin. Ura päättyi kauteen 2007−08.
Samana vuonna hän liittyi KHL:n pelaajayhdistykseen.