Naisten Liigalla ei ole varsinaista operatiivista johtoa, vaan sarjaa johtaa laaja johtoryhmä. Se koostuu erilaisista asiantuntijoista sekä jokaisen seuran omasta edustajasta. Asiantuntijoina on muun muassa entisiä naiskiekkoilijoita.
Naisten Liigaa johtaa puheenjohtajana Porin Ässien Liiga-Oy:n entinen toimitusjohtaja Eeva Perttula.
Johtoryhmä kaudella 2019–2020:
Puheenjohtaja Eeva Perttula
Varapuheenjohtaja Kari Mänty
Asiantuntija Pirkka Antila
Asiantuntija Emma Terho
Asiantuntija Juuso Toivola
Asiantuntija Sari Salmela
Asiantuntija, sihteeri Tuula Puputti
HIFK – Johanna Sandqvist
HPK – Jorma Hassinen
Ilves – Lasse Tuorila
KalPa – Herkko Koski
Kiekko-Espoo – Jarkko Malm
Kärpät – Saija Tarkki
Lukko – Mikko Aikko
Sport – Ove Kvist
Team Kuortane – Pirjo Hautaniemi
TPS – Kalle Lahti
