New Yorkissa syntynyt Francis Bouillon eteni NHL:ään pitkän tien kautta, sillä hän pelasi junioriliigassa vielä yli-ikäisenä ennen kausia ECHL:ssä, IHL:ssä ja AHL:ssä. NHL-ura käynnistyi Montreal Canadiensissa kaudella 1999-2000. Hän pelasikin Canadiensin organisaatiossa vuoteen 2009 asti lukuun ottamatta neljän ottelun visiittiä Nashville Predatorsissa, kun pelaajaa liikuteltiin waiver-listan kautta lokakuussa 2002.
Bouillon pelasi Predatorsissa myös kaudet 2009-12 ennen toista paluuta Canadiensin riveihin, jossa hän pelasi NHL-uransa viimeiset kaksi kautta. Kaudella 2014-15 Bouillon pelasi Sveitsissä Ambri-Piottan joukkueessa.
NHL-uraan mahtui 776 runkosarjaottelua, joissa hän teki 32 maalia ja antoi 117 maaliin johtanutta syöttöä. Pudotuspeleissä maalintekotahti oli hieman kovempi, sillä 55 ottelussa syntyi neljä maalia. Bouillon nähtiin kerran myös jääkiekon MM-kisoissa, sillä hän pelasi USA:n joukkueessa vuonna 2003 Tampereella.
