Eric Lindros siirtyi Philadelphiaan kohukaupassa vuonna 1992, kun Lindros ei suostunut pelaamaan hänet varanneessa Quebec Nordiquesissa. Flyers maksoi Lindrosista roiman hinnan, joka sisälsi kuusi pelaajaa, varausvuoroja sekä 15 miljoonaa dollaria rahaa. Kaupasta muodostui merkittävä Denveriin muuttaneelle Nordiquesille, sillä siirtyneistä pelaajista Peter Forsberg oli merkittävässä roolissa Avalanchen voittaessa kaksi Stanley Cupia vuosituhanteen vaihteen molemmin puolin.
Lindros pelasi Flyersissa 486 runkosarjaottelua, joissa hän teki 659 tehopistettä. Pistepörssissä Lindros oli parhaimmillaan toinen tynkäkaudella 1994-95, jolloin hänet palkittiin NHL:n arvokkaimpana pelaajana. Flyers-uran huipentuma oli matka Stanley Cupin finaaleihin vuonna 1997, joissa Detroit Red Wings oli kuitenkin parempi suoraan neljässä ottelussa.
Flyers-ura päättyi ikävällä tavalla Lindrosin saatua aivotärähdyksen Scott Stevensin taklauksesta vuoden 2000 pudotuspeleissä. Lindros ei enää päässyt sopimukseen jatkosta, minkä seurauksena kausi 2000-01 jäi häneltä kokonaan väliin. Seuraavana kesänä hänet kaupattiin New York Rangersiin, jossa Lindros kolme kautta. Myöhemmin Lindros edusti vielä Toronto Maple Leafsia ja Dallas Starsia ennen kuin ura päättyi loukkaantumisten takia kauden 2006-07 jälkeen.
Flyers on aikaisemmin jäädyttänyt viisi pelinumeroa. Lindrosin numero 88 nousee Bernie Parentin (1), Mark Howen (2), Barry Ashbeen (4), Bill Barberin (7) ja Bobby Clarken (16) seuraksi 18. tammikuuta ottelussa Toronto Maple Leafsia vastaan.